Durante la invasión musulmana decreció su importancia, pasando a depender de Medinaceli, situación que duraría hasta 1124, año en el que el obispo guerrero don Bernardo de Agén la reconquistó a los árabes, comenzando así un largo periodo de esplendor bajo la tutela de los obispos, habida cuenta que el rey Alfonso VII donó el señorío segun tino al obispo don Bernardo y a sus sucesores, bajo cuya tutela se mantendría hasta finales del siglo XVIII, en que el obispo Díaz de la Guerra renunciaría voluntariamente ante el rey a tal privilegio.

La Ciudad Mitrada cuenta en su larga relación de obispos con nombres tan notorios como el propio don Bernardo de Agén, San Martín de Finojosa, don Alonso Carrillo de Acuña, don Pedro González de Mendoza, don Diego de Espinosa, don Sancho Dávila y Toledo, don Fadrique de Portugal, don Juan Díaz de la Guerra y don Pedro Inocente Bejarano, entre otros.

La actual ciudad de Sigüenza se caracteriza por la severa estampa de su asentamiento y por dos edificios señeros sobre todos los demás: el castillo-palacio de los obispos y la catedral. El Castillo, con su mayor esplendor durante los siglos XIV al XVI, abandonado en el XIX y restaurado en 1976, es en la actualidad Parador Nacional de Turismo.

La Catedral es obra de muchos siglos. A las partes románicas más antiguas, iniciadas por don Bernardo de Agén, hay que añadir un sinfín de deta lles góticos, renacentistas y barrocos, que se fueron agregando en períodos sucesivos. Destacan sus dos torres almenadas que le confieren cierto aire de fortaleza. Del interior merecen referencia especial la capilla parroquial de San Pedro; el plateresco altar de Santa Librada y el mausoleo del obispo don Fadrique de Portugal; la puerta llamada de Jaspe que da entrada al claustro catedralicio; la sacristía mayor o de las Cabezas; la capilla mayor con dos púlpitos, gótico el uno, plateresco el otro, y magnífico retablo del XVII; el coro, con sillería de nogal, recuerdo del Cardenal Mendoza; y la capilla de los Arce, con el enterramiento gótico-renacentista de El Doncel, que es, en estilo y época, la pieza más valiosa en escultura sepulcral que en el mundo se conoce.

Sigüenza, tal y como hoy podemos verla, es una ciudad que se caracteriza en su aspecto externo por tres estilos bien definidos: la ciudad medieval, o zona que se extiende desde la Catedral hasta el Castillo, con bellas portadas románicas en sus iglesias y accesos antiquísimos de dovelaje; la ciudad renacentista, que encuentra su modelo más representativo en la Plaza Mayor, la antigua Universidad, el Seminario Conciliar de San Bartolomé y el palacio del antiguo Hospicio; y la ciudad barroca, memorial patente de los obispos Bejarano y Díaz de la Guerra, que sería la barriada de Sigüenza que queda por detrás la catedral: convento de Ursulinas, barrio de San Roque, plazuela de las Cruces y parque de la Alameda.

Entre las ermitas seguntinas se cuentan la de Nuestra Señora de los Huertos, la de San Roque, la de El Humilladero y la de San Lorenzo, siendo ésta última la más antigua de todas aunque nada queda de lo que fue en su origen.

En el aspecto cultural, es todavía Sigüenza el foco más importante de la provincia después de la capital. El recuerdo de su vieja Universidad perdura solamente en libros y crónicas; no obstante, conserva aún varios centros docentes de enseñanza secundaria, Escuela de Magisterio, Seminario Mayor, y cursos especializados sobre diferentes materias que cada año organiza su reconocida Universidad de Verano.

Son dignos de admirarse por cuanto al tesoro artístico seguntino, el de la Catedral y el Museo Diocesano fundado por el obispo Castán Lacoma.

La población de hecho que tiene Sigüenza, incluyendo la de sus casi treinta lugares anejos, es de 4.796 habitantes, cifra que en verano se suele duplicar con los turistas y en invierno con los estudiantes de fuera que se forman en sus centros docentes. Dista de Guadalajara 75 kilómetros. Como fiestas mayores cuenta con las de San Roque a media dos de agosto, y las de la Virgen de la Mayor, patrona de la ciudad, con la nocturna "procesión de los faroles", originaria de tiempos del obispo don Fadrique con más de cuatro siglos de antigüedad. Para San Vicente, en la noche del 22 de enero, resulta vistosa la tradicional hoguera en honor del santo.